Apa sech… vektor kloning buat DNA yang Panjang…???

Oktober 30, 2008 pukul 12:00 pm | Ditulis dalam Uncategorized | Tinggalkan komentar

Anggota    :

Nurlina Ramdianti      B1J006004

Hari Kartiko                 B1J006010

Ahmad Ridwan            B1J006012

Kode          :

K37-TD-08

Ringkasan :

 

Contoh-contoh vektor yang digunakan untuk mengklon potongan DNA yang panjang dan mengevaluasi kelemahan dan kelebihannya

 

Partikel phaga λ dapat mengakomodasi DNA hingga 52 kb, sehinga jika genome memiliki ukuran DNA 15 kb hingga 18 kb, baru dapat di cloning. Batas ukuran ini lebih tinggi daripada vektor plasmid, tetapi masih sangat kecil jika dibandingkan dengan ukuran genom secara utuh. Perbandingan ini penting karena perpustakaan klon (Clone Library) atau koleksi klon yang telah di sisipi genom lain secara utuh adalah titik awal suatu proyek yang ditujukan untuk mengurutkan sekuen genom. Jika vektor λ digunakan untuk DNA manusia, lebih dari setengah juta klon diperlukan disana, untuk membuat 95% keterangan bagian dari genom yang ada pada perpustakaan genom (Ukuran perpustakaan genom manusia yang disiapkan pada vector cloning yang berbeda data dilihat pada table 1). Hal tersebut memungkinkan untuk membuat persiapan perpustakaan genom berisikan setengah juta klon, terutama jika menggunakan teknik otomatisasi, tetapi koleksi sebesar itu  jauh dari yang kita harapkan. Hal tersebut dapat kita kurangi jumlah klon-nya dengan menggunakan  vektor yang dapat menangani fragmen DNA lebih dari 18 kb.

Tabel 1 Ukuran perpustakaan genom manusia pada beberapa vector cloning yang berbeda

 

 

 

 

Gambar 1. Sebuah tipe kosmid pJB8 dengan ukuran 5.4 kb,  memiliki gen resisten ampisilin, segmen DNA λ termasuk cos site dan ORI

 

 

Beberapara pengembangan teknnologi cloning selama 20 tahun terakhir telah mengarahkan penelitiannya untuk menemukan solusi ini. Satu kemungkinannya adalah menggunakan kosmid. Kosmid adalah sebuah plasmid yang memiliki sebuah λ cos site (gambar 1). Concatamers dari molekul kosmid dihubungkan oleh masing-masing cos site, betindak sebagai substrat untuk pengepakan invitro karena cos site hanya urutan molekul DNA yang dibutuhkan untuk dikenal sebagai genom protein. Partikel phaga yang mengandung DNA kosmid  adalah sama seperti phaga yang lainya, tetapi didalam sel DNA kosmid tidak dapat disintesis menjadi partikel phaga baru, bahkan bereplikasi sebagai plasmid. DNA rekombinan didapatkan lebih banyak dari koloni dibandingkan plak. Seperti pada vektor tipe lainya batas dari panjang DNA yang diklon ditentukan oleh jarak yang tersedia pada partikel λ phaga. Sebuah kosmid dapat berukuran 8 kb atau kurang, jadi hingga ukuran 44 kb DNA baru dapat disisipkan sebelum pengepakan Phaga λ selesai.

Terobosan utama dalam usaha mengklon fragmen yang lebih dari 50kb mucul setelah ditemukannya tiruan kromosom yeast atau YACs (Yeast Artificial Chromosomes). YACs pertamakali dibuat setelah mempelajari kromosom alami. Masing-masing kromosom memeiliki 3 komponen penting , yaitu :

          Sentromer, memainkan peranan penting pada saat pembelahan sel

          Telomer, sekuen khusus yang menandai ujung kromosom molekul DNA

          Satu atau lebih ORF yang menginisiasi sintesis DNA baru ketika pembagian kromosom.

 

 

 

 

 

 

Gambar 2. Letak sentromer dan telomere

 

YAC memiliki sekuen DNA yang mendasari komponen kromosom yang dihubungkan satu sama lain dengan selectable markers dan daerah inisiasi serta daerah restriksi tempat DNA baru disisipkan (Gambar 3). Seluruh komponen ini dapat dimasukan pada molekul DNA yang berukuran 10-15 kb. Yeast alami memiliki kromosom pada kisaran 230 kb hingga 1700 kb. Jadi YAC sangat berpotensi untuk mengklon fragmen DNA berukuran 600 kb, bahkan YAC khusus dapat mengklon hingga ukuran 1400 kb. Saat ini YAC merupakan vektor yang memiliki kapasitas terbesar dan beberapa proyek genom dapat dicapai dengan menggunakan YAC. Sayangnya beberapa tipe YAC memiliki kelemahan dalam kestabilan penyisipan, klon DNA jadi diurutkan lagi menjadi kombinasi sekuen DNA baru. Hal ini adalah alasan untuk  memusatkan perhatian pada tipe vektor lain. Vektor tersebut diantaranya:

          Vektor Bacteriophage P1 , hampir sama dengan vektor λ. Kapasitas vektor cloning diurutkan berdasarkan ukuran delesi dan jarak dianatar partikel phage. Genom p1 lebih besar dari genom λ dan partikel phage lebih besar. Jadi vektor P1 dapat mengklon lebih besar dari fragmen DNA, vektor λ hingga 125 kb dengan menggunakan teknologi terkini.

          Bacterial Artificial Chromosomes (BACs), berdasarkan pada plasmid F dari E.coli.  Plasmid F relatif besar dan vektornya memiliki kapasitas lebih besar untuk disisipi DNA. BACs dapat digunakan untuk mengklon fragmen DNA dari 300 kb atau lebih.

          P1-derived Artificial Chromosomes (PACs )b merupakan kombinasi antara P1 dan BACs dengan memiliki kapasitas hingga 800 kb.

          Fosmid, mengandung ORI F plasmid dan λ cos site. Hampir sama dengan cosmid tetapi memiliki salinan yang lebih sedikit pada E.coli, yang berarti lebih sedikit masalahnya dalam ketidakstabilan penyisipan.

 

 

Gambar 3. Penggunaan YAC

a.       Vector cloning pYAC3

b.      Mengklon dengan pYAC3, lingkaran vector  harus dipotong  dengan  BamHI dan SnaBI. BamHI memotong fragmen diantara 2 telomer pada lingkaran molekul. SnaBI memotong sampai  gen SUP4 dan menyediakan tempat untuk disisipi oelh DNA baru.


 

Daftar Pustaka

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.6035

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.glossary.9089#9238

link gambar

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6052

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6056

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5487

Link Tabel

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.table.6051

Diakses pada 30 Oktober 2008

 

Situs Terkait

animasi:

http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/animations/cloning/cloning.swf

http://www.sumanasinc.com/webcontent/animations/content/dnalibrary.html

http://artstudios.com/A07A.swf

http://www.guardian.co.uk/flash/cloning.swf

http://www.reproductivecloning.net/hosting/waite/cloning.swf

http://www.pensyl.com/educ/gene/k18/k18t1a1.swf

journal:

http://biogen.litbang.deptan.go.id/terbitan/prosiding/fulltext_pdf/prosiding2004_124-131.pdf

http://www.informatics.indiana.edu/predrag/files/cohen_2004.pdf

http://209.85.175.104/search?q=cache:SpPoVSKM-csJ:www.informatika.org/~rinaldi/Matdis/2007-2008/Makalah/MakalahIF2153-0708-096.pdf+vektor+kloning+pdf&hl=id&ct=clnk&cd=10&gl=id

 

Html:

http://209.85.175.104/search?q=cache:18NC-StNcscJ:library.usu.ac.id/download/fmipa/biologi-mizawarti1.pdf+vektor+kloning&hl=id&ct=clnk&cd=32&gl=id

http://www.molecularstation.com/no/dna-cloning/

Diakses pada 30 oktober 2008

tabel1

tabel1

Tinggalkan sebuah Komentar »

RSS feed for comments on this post. TrackBack URI

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

Blog di WordPress.com.
Entries dan komentar feeds.

%d blogger menyukai ini: