Contoh-contoh spesifik kandungan repetitif genom manusia

September 24, 2008 pukul 10:48 pm | Ditulis dalam Uncategorized | 18 Komentar

Nama : Hari Kartiko

NIM     : B1J006010

Kelas  : B1

Email : okitrakirah@gmail.com

Web : https://okitrakirah.wordpress.com

Jenis Topik : B1-GM9

Pada genom manusia sebanyak 62% bagiannya merupakan daerah intergenic,

yaitu bagian yang terletak diantara gen dan fungsinya belum diketahui yang

sebelumnya disebut sebagai junk DNA. Hal ini karena berdasarkan dari hasil

para peneliti, dimana para ahli biologi molekuler menjadi kurang yakin untuk

menyatakan bahwa semua bagian dari genome itu tidak penting, karena

sampai saat ini para peneliti masih belum mengetahui fungsi-fungsinya

secara detail. Tetapi satu hal yang terbukti bahwa inetrgenic DNA terbuat

dari sekuen berulang.

Repetitif DNA dapat dibagi menjadi dua kategori seperti dapat di lihat di gambar 1 dibawah ini.

Gambar 1

Gambar 1

Gambar 1. Dua tipe repetitive DNA : Interspersed repeats dan tandemly repeated DNA

Sumber : Figure 1.21 (Brown, 2002)

Repetitif DNA dibagi dua, yang pertama ialah genom wide atau Interspersed

repeats dimana bagian dari unit pengulangan terdistribusi di sekitar genom

yang terlihat secara acak. Dalam suatu genom pendistribusian Interspersed

repeats ini berulang-ulang atau berseling-seling seperti yang dapat dilihat

di gambar 1. Sedangkan yang kedua yaitu Tandemly repeated DNA,

merupakan unit pengulangan yang ditempatkan satu sama lain pada suatu susunan.

Jadi untuk Tandemly repeated DNA itu telihat seperti pada gambar, dimana unit

pengulangannya ada pada suatu susunan yang berjejer pada suatu kromosom.

Hal ini berbeda dengan Interspersed repeats yang pengulangannya berselang-seling.

Keempat jenis genome-repeat manusia yaitu SINEs, LINEs, LTR elements dan

DNA transposons tampaknya berasal dari transposabel elemen yang bersifat mobile,

artinya yang dapat berpindah dari satu tempat ketempat lain dalam genom,

seperti tampak pada gambar 2 dibawah ini.

Gambar 2

Gambar 2

Gambar 2. Segmen Genom Manusia.

Sumber: Figure 1.14 (Brown, 2002)

Pada gambar 2 ini menunjukan bagaimana penempatan gen, segmen gen, pseudogen,

genom wide repeat, dalam mikro satelit dalam segmen manusia sepanjang 50 kb pada β T-sel lokus reseptor pada kromosom ke 7.

Salah satu yang menarik dari genom-wide repeat ini adalah bahwa masing-masing tipe

diturunkan dari transposable element, yang bersifat mobile atau dapat berpindah-pindah

dari sekitar genom, dari suatu tempat ke tempat lain. Banyak dari elemen ini meninggalkan

salinan dirinya ketika bergerak dari suatu tempat ke tempat lain. Hal ini menjelaskan

bagaimana genom-repeat ini menyebar dan menjadi umum ditemui pada suatu genom.

Transposabel element terdiri dari dua kelas utama, yaitu yang dapat mengubah

urutan RNA intermediet dan yang tidak merubah urutan RNA intermediet.

Yang termasuk pada kelas yang dapat mengubah urutan RNA intermediet yaitu

LINEs, SINEs, dan elemen LTR. Sedangkan yang termasuk pada kelas yang

kedua yaitu yang tidak dapat merubah urutan RNA intermediet adalah DNA transposon.

Pembagian keempat tipe genom-wide repeat ini dibedakan berdasarkan corak urutan

karakteristiknya, tetapi ternyata ada banyak variasi dari masing-masing jenis genom-wide

repeat ini, yang dibagi lagi kedalam sub kategori. Seperti yang terdapat pada tabel 1.2 dibawah ini.

Tabel 1.2 Tipe genom-wide repeats pada genom manusia

Type of repeat

Subtype

Approximate number of copies in the human genome

SINEs

1 558 000

Alu

1 090 000

MIR

393 000

MIR3

75 000

LINEs

868 000

LINE-1

516 000

LINE-2

315 000

LINE-3

37 000

LTR elements

443 000

ERV class I

112 000

ERV(K) class II

8000

ERV(L) class III

83 000

MaLR

240 000

DNA transposons

294 000

hAT

195 000

Tc-1

75 000

PiggyBac

2000

Unclassified

22 000

Berdasarkan tabel, dapat dilihat misalnya SINEs merupakan genom-wide repeat yang paling

banyak, yang meliputi tiga sub tipe yaitu elemen ALU yang kira-kira memiliki 1.090.000

salinan dalam genom, MIR memiliki 393.000 salinan, dan MIR3 memiliki 75.000 salinan.

Semua bagian genom-wide repeat ini menyusun 44% dari sekuen genom, yaitu sekitar 1400 Mb DNA.

Contoh dari tandemly repeat DNA adalah microsatellite seperti pada gambar 2 diatas,

dalam satu mikrosatelite unit pengulangannya sangat pendek yaitu kurang dari 13bp, tetapi pada tipe

tandemly repeated lainnya memilki unit yang lebih panjang. Yang paling umum adalah jenis

mikrosatelit pada manusia dengan pengulangan dinukleotida dengan kira-kira 140.000 salinan

pada genom yang utuh, seperti yang ditunjukan pada tabel 1.3.

Table 1.3. Mikrosatelite pada genom manusia

Length of repeat unit

Approximate number

of copies in the human genome

1

120 000

2

140 000

3

37 500

4

105 000

5

56 000

6

49 000

7

27 000

8

35 500

9

27 500

10

27 500

11

28 000

From IHGSC (2001).

Seperti halnya genome-wide repeated, mikrosatelit ini tidak jelas fungsinya.

Daftar Pustaka :

Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions. John Wiley and Sons Inc.,New York.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5276

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5300

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5279

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.table.5301

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.table.5302

diakses tanggal 23 September 2008 pukul 21.00 WIB

Situs Terkait :

http://www.sciencenetlinks.com/interactives/dna.swf

http://www.cfs.gov.hk/english/programme/programme_gmf/files/dna.swf

http://www.bioteach.ubc.ca/TeachingResources/MolecularBiology/DNAReplication.swf

http://www.e-dukasi.net/mapok/mp_files/swf/f73.swf

http://trc.ucdavis.edu/biosci10v/bis10v/media/ch11/pcr.swf

http://www.cfs.gov.hk/english/programme/programme_gmf/files/dna.swf

http://www.nimblegen.com/news/events/webinar/sharp_webinar.swf

http://www.genetics.cf.adfg.state.ak.us/publish/powerpoint/short_course.swf

http://www.mcb.harvard.edu/Losick/images/TromboneFINALd.swf

http://www.spokane-county.wsu.edu/smallfarms/Biotechnology/Understanding%20DNA.swf

diakses tanggal 24 September 2008 pukul 22.00 WIB

18 Komentar »

RSS feed for comments on this post. TrackBack URI

  1. Yoo…

    Semangat-semangat, nikmatilah pekerjaan mu…

    Enjoy aza….

  2. Hari..
    Makaci buat catatan upload diBlog sendiri..
    Sangad membantu DiaN..
    Semoga kita selalu diberi rahmat-Nya untuk selalu menuntut ilmu sebagai bekal diakhirat nanti..
    Minal Aidzin Wal Faidzin..
    Mohon Maaf Lahir dan Batin..
    Met mudik..ati2 ya Bah..
    hehehe

  3. makasih hari commet’y…

    ngerjaiin tugasnya ngebut neh…

    soalnya jumat besook mw mudik..

    km juga sudah ngerjaiin tugasnya juga kan…

    tetap semangat ya….

    oia met liburan…

  4. to hari yg kasep….
    thankzzz buangeeeeeeeeeeeeeeetz yah tas bantuannya.moga
    skses sll yah n cpt2 pnya cw.

  5. haiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiii…….

    Mkacih y bantuannya,,,,,,

    jgn bsen2 y ngebntuin fre_=da

    em………..,met liburan& met lebaran….
    Have fun dirumah… heheheheheheh

  6. mkasih ya ri. ati2 mudik lebaran. jalan rame. met lebaran ya.

  7. hari pa kbr???
    makasih y DN dah diajarin bikin tgs2 Biomolnya…]
    salam kompak selalu…
    ayu senmangat!!!
    mudik way…
    oleh2na,,payung!!!

  8. SEMANGAT Men…. Pasti bsk bs lbh bagus lg!!!

  9. hAri…
    dAh slEse y..
    giLiran mUdik..
    mEt lEbaran y…

  10. cie..cie..cie..
    yang lg persiapan mudik………
    ati2 dijalan….
    cenengnya tugas dah kelar……..

  11. ceileeeeeeeee……………..cepet yahhhh…..pada ngerjain tugasnya…….pucing……….deh….

  12. duh yang menyekesaikan tugas terstruktur paling baek……cie cie

  13. ne anag kaiax famous sangadH di kaMpuz,. ^_^

  14. budak butut…

    pengen cerita…

  15. sok cerita atuh edem…

    • Msa yhhhaaaaa…………

  16. Promo kartu kredit

    Contoh-contoh spesifik kandungan repetitif genom manusia | Okitrakirah’s Weblog


Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

Buat situs web atau blog gratis di WordPress.com.
Entries dan komentar feeds.

%d blogger menyukai ini: